ミヤコタナゴが少なくなった原因は特定されていませんが、次のようなことが影響し合ったのではないかと考えられています。

（１）河川改修などによる二枚貝の減少
・ミヤコタナゴや二枚貝がすんでいた用水路などが、コンクリートによる護岸工事などが行われ、二枚貝がすめなくなりました。
・水田の休耕田化、都市化によって用水路の泥さらいなどが行われなくなり、泥が深くなったり、水が濁りやすくなったりして二枚貝がすめなくなりました。
・貝の幼生がとりついて育つ小型の魚（ヨシノボリやドジョウのなかま）が減りました。

（２）外来魚の影響
・ブラックバスやブルーギルなどの肉食性外来魚が人の手によって放流され、ミヤコタナゴが食べられてしまいました。
・タイリクバラタナゴというアジア大陸東部や台湾（たいわん）原産のタナゴの生息域が拡大し、えさや産卵する二枚貝の取り合いなどミヤコタナゴの生活に影響を与えました。

（３）その他、原因として考えられること
・生活排水の流入や水鳥の餌付けなどによる水質の悪化
・産卵期に雄が美しい色になることから起こった密漁や密売
・集中豪雨による増水など