ミヤコタナゴの生息が確認された地区では、ボランティアによる保存会が結成され、県や水産試験場などと協力しながら保存活動を行ってきました。

（１）ミヤコタナゴや、マツカサガイなどの二枚貝を保護するために
・定期的な土手の草の刈り取りや川底の泥さらいなど生息環境を改善、回復するための取り組みを行っています。
・ブラックバスやブルーギルなどの肉食性外来魚が上流の沼から侵入するのを防ぐネットの設置や駆除活動を行っていますが、完全に侵入を防ぐことは不可能で、また、一度放流されて定着してしまった魚を取り除くことはとても難しいです。

（２）ミヤコタナゴの人工繁殖の取り組み
・県の水産試験場などでは、生息地別に保護したミヤコタナゴを人工繁殖させ、放流を視野に入れた取り組みを実施しています。