慶応（けいおう）４年（１８６８年）戊辰戦争（ぼしんせんそう）によりほとんどの建築物は焼失してしまいましたが、堀や土塁などは、江戸時代（えどじだい）とほとんど変わらない姿で残されていました。

しかし、旧城跡を管轄していた陸軍省は、この地を払い下げる方針をとり、明治（めいじ）２３年（１８９０年）、広大な敷地が旧藩主や町・町民に払い下げられました。

そして、次第に堀や土塁が埋め立てられたり、削られたりして宇都宮城をしのぶものは、ほとんど姿を消してしまいました。

旭町（あさひちょう）の大銀杏は、本田正純が植えたものと伝えられ、今もこの根元は周囲よりわずかながら高くなっていて、三の丸土塁の名残があります。